这一制度在试行过程中，也曾遭遇质疑。包括会不会出现“人情交易”“钱学交易”“权学交易”“近亲繁殖”等，影响招生的公平公正，堵死普通家庭孩子的读博之路，也影响博士生源质量、培养质量等等。但从具体的实施情况看，博生招生“申请—审核”制得到普遍认可。一方面，扩大了博导的招生自主权，有利于博导招收到适合的学生；另一方面，博士的整体生源质量并没有因试行这一制度而降低，因为与这一制度相配套，推进了博士生导师资助制（由博导承担博士生的培养经费以及生活补助），严把博士学位答辩关。博导如果招来一个缺乏学术潜能的学生，不但要承担资助费用，还要考虑其在求学期间能否发表规定的论文，能否顺利通过答辩毕业，这迫使博导认真考察申请学生的学术潜能与综合素养。与实施“申请—审核”制相对应的是，不少申请读博的学生感慨，申请太难了。
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各地区各部门各单位表示，要以“立党为公、为民造福、科学决策、真抓实干”为总要求，坚持学查改一体推进，努力在深学、真查、实改上下功夫见成效。